ユーザーのアカウントを停止することはできますか？（休職・産休・育休など）

はい、可能です。

「システム設定>部署/地域/ユーザーの設定」にて該当ユーザーの情報編集画面の「有効化」という項目を"停止中"に変更してください。

ユーザー情報の一括編集をご覧ください。

※システム管理者を"停止中"に変更することはできません。権限を削除してから操作を行なってください。

なお、停止中のユーザーに関する挙動は 停止中のユーザーに関する挙動を知りたい のページを確認してください。